2024 年 9 月，望石智慧再次获得北京市科委、中关村管委会“ AI+ 健康协同创新培育项目”大额科技经费支持，课题为“融合电⼦密度的多模态 AI ⼩分⼦药物设计平台研发和应⽤”。此课题拟进一步挖掘电子密度中分子动态信息、溶剂信息等业界缺失的关系到“分子与目标蛋白如何相互影响”的关键信息，同时通过融合多模态迭代现有大模型。望石智慧希望通过该药物设计平台推动药物研发路径从“依赖于分⼦库的筛选已知小分子”升级为“空口袋生成小分子并通过人机交互不断优化筛选分子”的设计路径。 

2024 年 10 月 9 日，AlphaFold 被授予诺贝尔化学奖，以表彰其通过创新性的引入已有的氨基酸残基共进化数据以及其对应的 MSA 表征来表⽰蛋⽩分⼦，进⽽推动困扰⼈类科学界 50 年的蛋⽩三维结构预测。与 AlphaFold 解决问题的思路类似，望石智慧在世界范围内首次创造性的把晶体学电子密度的拓扑性质作为蛋白分子和药物分子间/内相互作用的表示方法引入了 AI 模型，近乎完美的获得了一个可以表示物理性质/化学性质，又同时具备优美的数学性质的模型。望石团队创新地从⽼数据（实验电⼦密度数据）中挖掘新信息（⼩分⼦和蛋白的相互作⽤信息），并通过融合电子密度与其他表征，使得模型⽣成的分⼦在 2D 合理性、与口袋的契合度、3D 姿态合理性都有较好的表现。通过该方法帮助药物研发者从看到“药物分子和靶点这样结合”到看到“药物和靶点为什么这样结合”，实现了从“知其然”到“知其所以然”的改变。

团队拟在本项目中继续深入挖掘实验电子密度数据价值，融合更多模态的分子表征，同时将更为复杂的任务纳入训练以进一步提升模型表现，促进更快、更好的新药发现。团队也期待与业界同仁共同合作，推动行业的发展。